Hvor Krengerups hvide hovedbygning i dag knejser i landskabet, lå i middelalderen blot en enlig gård, der hed 'Krenckeroppe.' Navnet kom af mandsnavnet 'Krænki,' der betød 'den krumme.'

Først i år 1590 oprettede landsdommer Gabriel Knudsen Akeleye en egentlig hovedgård på stedet, hvilket formentlig var en firlænget bindingsværksgård med stråtag. Akeleyes slægt fortsatte som ejere indtil 1658, hvor Krengerup blev afhændet til Jacob Lindenov. Årsagen til dette salg var sandsynligvis, at gården var blevet grundigt hærget af svenske tropper i forbindelse med besættelsen af Fyn.

Sophie Amalie lindenov (1649-1688)

Sophie Amalie lindenov (1649-1688)

Lindenov, der i forvejen ejede det nærliggende Brahesholm, døde barnløs i 1672, hvorefter begge disse gårde overgik til hans søstersøn Claus Daa. Denne havde dog en svag karakter og forarmede sine ejendomme, inden han i 1678 blev myrdet på ordre fra sin bedrageriske hustru, Sophie Amalie Lindenov.

I 1686 skødedes Brahesholm og det forfaldne Krengerup til Morten Skinkel til nabogodset Søholm, og de tre hovedgårde Krengerup, Brahesholm og Søholm fik for første gang samme ejer. Efter Sinkel arvede først hans hustru, siden hans to døtre gårdene. Een af disse fik igen en datter, og ved at gifte sig med denne kunne hofmarskal Conrad Holck i 1768 kalde sig ejer af godskomplekset. Holck var drikkekammerat med den gale Christian d. 7 og siges at have ansporet dennes festlige udskejelser. 

Samme år som Struenses magtovertagelse, i 1770, måtte Conrad Holck således sælge Krengerup til Christian Rantzau, og omend denne døde året efter, har slægten Rantzau været i besiddelse af godset siden da.

Den nuværende hovedbygning og den trelængede avlsgård i bindingsværk er således opført af Christian Rantzaus søn, officeren Frederik Siegfred Rantzau. Arkitekten menes at være Hans Næss, der var elev af Kgl. Bygningsarkitekt Nicolas-Henri Jardin, og denne påbegyndte konstruktionen af anlægget i 1772. Frederik Siegfred ønskede at opkalde sit nye hus efter sig selv og gav det i 1783 navnet Frederikslund.

Frederik Siegfried Rantzau (1744-1822)

Frederik Siegfried Rantzau (1744-1822)

Krengerup Gods er et heltstøbt udtryk for den nyklassicistiske byggestil, der blev fremelsket på dette tidspunkt. Både avlsbygningerne, hovedbygningen og parken er enkle, symmetriske og uden dekorative detaljer, hvilket er kendetegnende for nyklassicistisk arkitektur, hvor skønheden skal findes i de rene geometriske linjer. Denne stilart er inspireret af antikkens bygningsværker, hvilket er særligt tydeligt i hovedbygningens indgangshall, hvor der er placeret to massive søjler af træ, der er skabt efter græsk forbillede.

Op igennem 1800-tallet gik Frederikslund i arv fra den ene Carl Frederik Rantzau til den anden- hele tre ejere med dette navn blev det til i træk. I 1917 blev hovedbygningen sat gennemgribende i stand af Jens Christian Rantzau, med arkitekt Jens Ingwersen som rådgiver. Huset blev moderniseret og der blev indlagt centralvarme, vand og indrettet badeværelser. Ved samme lejlighed fik godset atter sit gamle navn igen - Krengerup.

I dag udgør Krengerup, Brahesholm og Søholm moderne land- og skovbrugsvirksomheder, og har siden 2009 været ejet af Carl Johan Ulrik Rantzau, der således er den niende generation efter Christian Rantzau.